IDENTIFICANDO SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM NO GENOMA DE CAMPOMANESIA ADAMANTIUM

Erica Virginia Estefane de Jesus Amaral; Jefferson Fernando Naves Pinto; Edésio Fialho dos Reis; Alexandre Siqueira Guedes Coelho

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Trabalho

Título do Trabalho

IDENTIFICANDO SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM NO GENOMA DE CAMPOMANESIA ADAMANTIUM

Autores

Erica Virginia Estefane de Jesus Amaral
Jefferson Fernando Naves Pinto
Edésio Fialho dos Reis
Alexandre Siqueira Guedes Coelho

Modalidade

Resumo Simples

Área temática

Meio Ambiente e Sustentabilidade: Natureza e Sociedade

Data de Publicação

21/12/2023

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/conepeufj/718339-identificando-single-nucleotide-polymorphism-no-genoma-de-campomanesia-adamantium

ISBN

978-65-272-0124-3

Palavras-Chave

Sequenciamento, BGISeq, Myrtaceae, SNPs

Resumo

Campomanesia adamantium é uma espécie nativa do Bioma Cerrado o qual é hotspot de biodiversidade, que vem sofrendo com o aumento do desmatamento. Podendo ocasionar o desaparecimento de muitas especeis que possuem importância social. Dentre estas, destacamos a gabirobeira que é altamente relevante para a Bioeconomia, podendo ser amplamente utilizada de diferentes formas, inclusive como planta medicinal. O conhecimento acerca da ocorrência de SNPs em seu genoma é inexistente. No entanto com o advento das novas tecnologias de sequenciamento NGS, tem se a possibilidade de acessar o genoma da gabirobeira, permitindo a identificação de centenas ou até mesmo de milhões de SNPs. O objetivo do presente trabalho consiste em realizar a caracterização parcial do genoma de Campomanesia adamantium, com o intuito de se identificar Single Nucleotide Polymorphism (SNP), no genoma total da espécie. Para isso foram sequenciadas quatro bibliotecas de Campomanesia adamantium, utilizando a estratégia de Nanoballs da empresa BGI na plataforma BGISEQ. A chamada das variantes (SNPs) foi realizada utilizando o pipeline GATK, utilizou-se como genoma de referência o de Psidium guajava. Com o intuito de se obter o número de SNPs que ocorrem como Transição (Ts), Transversão (Tv), os InDels e a relação de Ts/Tv, utilizou-se o pacote de softwares VCFtools. Os dados obtidos pelo sequenciamento foram de excelente qualidade, demostram a eficiência da plataforma de sequenciamento BGISEQ em produzir bons resultados. Foram identificados um total de 4.043.652 SNPs, sendo 2.176.111 Transição, 1.135.775 Transversão e 731.766 (InDels). A razão de observada de Ts/Tv foi de 1,91, indicando a boa consistência dos resultados. O volume de SNPs identificados neste estudo demostra que há variabilidade entre Campomanesia adamantium e Psidium guajava. O que indica a necessidade de novas análises de bioinformática para poder lapidar os resultados, obtendo-se os SNPs altamente informativos, que ocorram somente entre Campomanesia adamantium. Os SNPs informativos poderão ser utilizados em futuros estudos de evolução e melhoramento genético.

Título do Evento: VIII Conepe - Ciências Básicas para o Desenvolvimento Sustentável
Cidade do Evento: Jataí
Título dos Anais do Evento: Anais do Congresso de Ensino, Pesquisa e Extensão
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

AMARAL, Erica Virginia Estefane de Jesus et al.. IDENTIFICANDO SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM NO GENOMA DE CAMPOMANESIA ADAMANTIUM.. In: Anais do Congresso de Ensino, Pesquisa e Extensão. Anais...Jataí(GO) Universidade Federal de Jataí, 2023. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/conepeufj/718339-IDENTIFICANDO-SINGLE-NUCLEOTIDE-POLYMORPHISM-NO-GENOMA-DE-CAMPOMANESIA-ADAMANTIUM. Acesso em: 23/11/2024