DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA QUINASE ATIVADA POR AMP (AMPK): CARACTERIZAÇÃO IN SILICO DAS PRINCIPAIS PROPRIEDADES REFERENTES À INTERAÇÃO PROTEÍNA-LIGANTE.

MARIA LUIZA NASCIMENTO DIAS; Williams Jorge da Cruz Macêdo

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Resumo

Título do Trabalho

DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA QUINASE ATIVADA POR AMP (AMPK): CARACTERIZAÇÃO IN SILICO DAS PRINCIPAIS PROPRIEDADES REFERENTES À INTERAÇÃO PROTEÍNA-LIGANTE.

Autores

MARIA LUIZA NASCIMENTO DIAS
Williams Jorge da Cruz Macêdo

Modalidade

XXXI Seminário de Iniciação Científica

Área temática

Outro

Data de Publicação

06/12/2022

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/ii-conecta-ufra-bioeconomia-268119/560599-docking-molecular-da-proteina-quinase-ativada-por-amp-(ampk)--caracterizacao-in-silico-das-principais-propriedade

ISBN

978-85-5722-428-5

Palavras-Chave

Docking Molecular, Proteína Quinase, AMPK

Resumo

A técnica de Docking Molecular (ancoragem molecular) é um método estudo in sílico, que está entre as mais utilizadas no que diz respeito a pesquisas de modelos de interação envolvendo enzimas e moléculas ligantes. Na realização deste trabalho foi feito uso da proteína quinase dependente da adenosina monofosfato (AMPK) para sua ativação. Recentes estudos associam o AMPK variadas desordens metabólicas, que inclui o diabetes tipo 2 e ao câncer mais recentemente. Desse modo há necessidade de que seja dada importância da compreensão e caracterização dos mecanismos que são responsáveis por inibir e ativar a atividade da AMPK para o desenvolvimento do design molecular das possíveis modificações nos ligantes, que resultem em um melhor sistema termodinâmico e conformacional mais favorável de ancoragem, em relação ao sítio ativo enzimático-substrato, servindo de base para a proposição racional de novos fármacos promissores, que possam tratar tais desordens metabólicas já citadas. Este trabalho teve como intuito realizar o estudo Químico Quântico e Docking Molecular entre a proteína quinase ativada por AMP (AMPK) e ligantes ativadores como o AMP, o ADP, o ATP e o ZMP (mimético do AMP). Objetivando descrever as principais propriedades referentes à interação entre o sítio ativo da enzima e seus substratos. As estruturas do AMP, ADP, ATP e ZMP foram construídas e otimizadas usando MM+ com programa ACDCHEM 2020 Freeware. As moléculas pré otimizadas seriam submetidas a cálculos ab initio utilizando o programa Gaussian 09 na busca de seu estado conformacional mais estável. Foi realizada a validação de ancoragem molecular para se obter mais conhecimento das energias de afinidade do complexo enzima substrato via Docking Molecular. Como resultados parciais, obtivemos a estrutura cristalográfica tridimensional da AMPK complexado com o AMP, por meio do banco de dados protein data bank (PDB), com código ID 4cfh e resolução estrutural cristalográfica de 3,24Å (1Å= 10-10m). A proteína é classificada como transferase com cadeias A (alfa-1), B (Subunidade beta-2), C (alfa-1) e E (Gama-1). A Modelagem dos compostos treino foi satisfatória pois obteve-se estruturas com geometria de boa qualidade as quais iriam ser submetida a estudos mais acurados a nível ab initio DFT 6-31 G**. Obtivemos também dados cristalográficos experimentais da estrutura da adenosina dissódica 5 'trifosfato tri-hidratado (ATP), que é a molécula base para comparação com as demais (Pivô), para posterior comparação com parâmetros geométricos teóricos DFT 6-31 G**. Por fim, em momentos posteriores temos por meta dar continuidade aos resultados químicos quânticos de otimização de energia e frequências e a realização do docking molecular e estudo das conformações para selecionar os resíduos e obtenção do resultado final.

Título do Evento: II CONECTA UFRA: Bioeconomia
Título dos Anais do Evento: Anais do II conecta UFRA: bioeconomia
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

DIAS, MARIA LUIZA NASCIMENTO; MACÊDO, Williams Jorge da Cruz. DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA QUINASE ATIVADA POR AMP (AMPK): CARACTERIZAÇÃO IN SILICO DAS PRINCIPAIS PROPRIEDADES REFERENTES À INTERAÇÃO PROTEÍNA-LIGANTE... In: Anais do II conecta UFRA: bioeconomia. Anais...Belém(PA) UFRA, 2022. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/ii-conecta-ufra-bioeconomia-268119/560599-DOCKING-MOLECULAR-DA-PROTEINA-QUINASE-ATIVADA-POR-AMP-(AMPK)--CARACTERIZACAO-IN-SILICO-DAS-PRINCIPAIS-PROPRIEDADE. Acesso em: 31/01/2025