AVALIAÇÃO DE MODELOS DE ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS)

Herison Victor Lima Muniz; Caroline Ariyoshi; ALEXANDRE ROSSI PASCHOAL; Luiz Filipe Protasio Pereira

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Trabalho

Título do Trabalho

AVALIAÇÃO DE MODELOS DE ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS)

Autores

Herison Victor Lima Muniz
Caroline Ariyoshi
ALEXANDRE ROSSI PASCHOAL
Luiz Filipe Protasio Pereira

Modalidade

Resumo

Área temática

Omics

Data de Publicação

08/09/2022

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/epbioinfo2022/516200-avaliacao-de-modelos-de-estudos-de-associacao-genomica-ampla-(gwas)

ISBN

978-65-5941-801-5

Palavras-Chave

Bioinformática, Coffea arabica, Marcadores SNPs, Melhoramento Genético, Poliploidia

Resumo

O gênero Coffea, pertecente a familia Rubiaceae, é representado por 124 espécies, destacando-se Coffea arabica e Coffea canephora (SANTOS, 2020). C. arabica é uma espécie alotetraploide (4n = 2× = 44), e a única no gênero Coffea que possui essa característica em seu genoma. A origem do C. arabica ocorreu através da hibridização de duas espécies diploides, C. canephora e C. eugenioides (GIMASE et al., 2020). Com o avanço das técnicas de sequenciamento e da bioinformática, estudos de associação genômica ampla (GWAS) vem permitindo a identificação de marcadores e genes relacionados à características fenotípicas. Porém, os principais modelos para GWAS foram produzidos e otimizados para espécies diploides, e isso representa uma dificuldade nos estudos de espécies com mais de dois conjuntos de cromossomos. O objetivo deste estudo é avaliar diferentes modelos de GWAS e verificar qual(is) apresentam melhor acurácia em organismos alotetraploides. Para isto, será utilizado um total de 132 genótipos de C. arabica que foram genotipados para mancha aureolada do cafeeiro. Serão testados um modelo single-locus “Mixed Linear Model” (MLM) através do TASSEL 5.2.53, cinco modelos multi-locus desenvolvidos dentro do software estatístico R: “random-SNP-effect MLM (rMLM), “multi-locus RMLM” (mrMLM) (WANG et al., 2016), “fast multi-locus random-SNP-effect EMMA” (FASTmrEMMA) (WEN et al., 2017), “integrative sure independence screening EM-Bayesian LASSO” (ISIS EM-BLASSO) (TAMBA; NI; ZHANG, 2017) e “Fixed and Random Model Circulating Probability Unification” (FarmCPU) (LIU et al., 2016), por último, o modelo específico para poliploides GWASpoly R (ROSAYRA et al., 2016). Desta forma, através da avaliação dos diferentes modelos de GWAS, espera-se definir protocolos para identificar genes e marcadores importantes para C. arabica e outros alotetraploides.

Título do Evento: Escola Paranaense de Bioinformática
Cidade do Evento: Curitiba
Título dos Anais do Evento: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática (EPB)
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

MUNIZ, Herison Victor Lima et al.. AVALIAÇÃO DE MODELOS DE ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS).. In: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática (EPB). Anais...Curitiba(PR) UFPR/SEPT, 2022. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/epbioinfo2022/516200-AVALIACAO-DE-MODELOS-DE-ESTUDOS-DE-ASSOCIACAO-GENOMICA-AMPLA-(GWAS). Acesso em: 26/04/2025